En la primavera de 1940 Rudolf Höss (no confundir con Rudolf Hess) fue destinado a Auschwitz (en una zona de Polonia conquistada por los alemanes) para hacerse cargo del lugar que más tarde sería conocido como Auschwitz Uno. Cuando llegó solamente había unos pocos edificios pertenecientes al derrotado ejército polaco situado al lado de un gran campo para el adiestramiento de caballos. El propio Höss escribió en sus Memorias: "No era una tarea fácil crear en muy poco tiempo un campo de concentración para 10.000 prisioneros usando el complejo de edificios ya existentes, bien construidos pero totalmente abandonados y plagados de insectos".

Este primer campo de Auschwitz no se construyó pensando en la "solución final" contra los judíos polacos sino, fundamentalmente, para todos aquellos presos políticos polacos o cualquiera que pudiera representar una amenaza para el Reich en su labor de ocupación en tierras polacas. Solamente las SS eran capaces de proteger el estado nacionalsocialista de todo peligro interno puesto que el resto de las organizaciones no eran ni lo suficientemente capaces ni duras.

Durante la primavera de 1941 se produjo la invasión de la Unión Soviética por parte de la Alemania nazi, esta decisión acabaría resultando fundamental para el futuro funcionamiento del campo. En las semanas posteriores a la invasión de la URSS los alemanes apresaron a 3.000.000 de soldados soviéticos. En nueve meses, dos millones habían muerto, muchos de ellos de hambre como prisioneros de los alemanes. Muchos de estos hombres acabaron en Auschwitz, así fue como este campo fue involucrado en la guerra del frente del este. En este lugar, en julio de 1941, los prisioneros soviéticos estaban obligados a trabajar en graveras mientras sufrían un trato inhumano.

Pero, no solamente los prisioneros de guerra soviéticos sufrieron el avance de los nazis hacia el este, también lo sufrieron los judíos soviéticos. Los nazis, antisemitas convencidos creían que una combinación de eslavos, judíos y comunistas era especialmente peligrosa.

Un gran número de hombres judíos fueron fusilados por todos los pueblos y ciudades en las que los alemanes entraron en su invasión de la Unión Soviética. Fusilaron también a comunistas y dirigentes locales, incluyendo a los que no estaban en edad militar. Después de una serie de reuniones entre Hitler y Himmler en verano de 1941, la persecución de los judíos soviéticos se intensificó, destinando para esta misión a nuevas unidades SS.

Hans Friedrich, miembro de las SS que actuó en la zona soviética ocupada por los nazis, comentó en una entrevista realizada por la televisión británica: "Estaban tan traumatizados y asustados [los judíos] que con ellos podías hacer lo que quisieras [...] Intente imaginar, hay una zanja, a un lado hay personas y detrás nosotros, soldados que les disparaban. Los que recibían los disparos caían en la zanja [...] Mientras disparaba no pensaba, no sentía nada, solo pensaba: 'Apunta con cuidado'... para acertar... solo pensaba en eso. No pensaba ni sentía nada porque mi odio a los judíos es demasiado grande. Reconozco que mi forma de pensar sobre esta cuestión es injusta, lo reconozco... pero, lo que viví en mi juventud cuando vivía en una granja, lo que nos hacían los judíos... Bueno, eso nunca cambiará. Estoy firmemente convencido..."

Paralelamente al fusilamiento de judíos en las zonas soviéticas dominadas por los alemanes, las ejecuciones de prisioneros también aumentaban en Auschwitz. Pero pronto se utilizaría el gas para matar a los presos, aunque no de la manera que acabaría dando su fama al campo. Comunicaron a Höss que los médicos del llamado PROGRAMA DE EUTANASIA PARA ADULTOS visitarían la instalación, buscaban prisioneros que ya no fueran aptos para trabajar. Hasta ese momento los miembros del Programa de Eutanasia se ocupaban de los discapacitados mentales y físicos, un sector de la población demonizado por la propaganda nazi.

Los pacientes elegidos para la muerte eran trasladados a centros especiales en Alemania, había seis de ellos repartidos por todo el país. En esos lugares se había ideado una nueva forma de matar recurriendo a un procedimiento que también se adoptaría en Auschwitz. Decían a los discapacitados que iban a ducharse, los llevaban hasta una habitación donde a simple vista todo recordaba a una gran zona de duchas (con sus tuberías y grifos), pero por aquellas tuberías no pasaba agua, sino gas. Gas que era expulsado cuando la habitación había sido cerrada hermeticamente. En verano de 1941, unos 70.000 discapacitados habían sido eliminados usando este sistema.

Himmler quería extender el Programa de Eutanasia para Adultos a los campos de concentración para agilizar el problema de la super población. Una unidad especial, creada para resolver este asunto, se dirigió a Auschwitz aquel verano. Los primeros prisioneros de Auschwitz que murieron gaseados, no murieron en el campo, sino que fueron trasladados a las cámaras de gas de Alemania y no fueron exterminados por ser judíos sino porque ya no podían trabajar.

Al mismo tiempo que en los centros especiales de Alemania se llevaban a cambio los experimentos con el gas, las autoridades de Auschwitz trabajaban para encontrar nuevas formas de exterminación. Mientras Höss se encontraba fuera del campo, su ayudante, Karl Fritz, tuvo una idea radical, una idea que cambió de forma profunda la forma de matar. En Auschwitz desinfectaban las ropas de piojos y otros parásitos con ácido prúsico cristalizado, fabricado en serie bajo la marca ZYKLON B.

Un día a finales de agosto de 1941, Fritz ordenó preparar el sótano del bloque 11 para el uso del Zyklon B, sellaron puertas y ventanas y reunieron allí a un grupo de prisioneros soviéticos. En un principio el gas no funcionó tal y como los nazis esperaban, pues muchos de los prisioneros aún estaban vivos al acabar la sesión. Fritz ordenó entonces que se volvieran a cerrar las puertas y añadieran más cristales (más concentración de gas). En esta ocasión al abrir las puertas del sótano todos los prisioneros estaban muertos...