Enterado el Parlamento, nombró un Comité de Seguridad compuesto por cinco miembros de la Cámara de los Lores y diez de los Comunes y organizo inmediatamente un Ejército de de veinte regimientos de infantería y setenta y cinco escuadrones de caballería. Este contingente no era para luchar contra Carlos I sino para hacerlo contra sus asesores "que le han hecho perder el juicio". El conde de Essex, al recibir el mando de las tropas recibió al mismo tiempo el título de: "Lord General al servicio del Rey y del Parlamento". Su misión era la de proteger a Su Majestad, después de dar muerte a sus enemigos y 'devolverlo' sano y salvo a sus 'fieles Comunes'. En ocasiones esto de la historia es absolutamente de locos...

Oliver Cromwell fue nombrado capitán del 67 Escuadrón. La primera acción importante en la que tomó parte fue la de Edgehill (octubre 1642). Los realistas eran mandados por el príncipe Rupert. La batalla fue toda una lección de estrategia para aquel granjero convertido en capitán de caballería pues observó que la caballería del príncipe había cometido un error fundamental; sus escuadrones se habían alejado del campo de batalla persiguiendo al enemigo. Cuando más tarde tuvo el mando de fuertes efectivos de caballería prohibió a sus tropas que cargaran al galope, a fin de que no se alejasen y pudiese mantener su control. En vez del fiero galope, Cromwell quería "un alegre trote sostenido".

Cromwell buscó siempre que sus soldados fuesen convencidos puritanos, que luchasen por un ideal y que amaran la causa que defendian. Era severo, pero justo, por lo que se ganó la confianza de sus soldados. En enero de 1643 fue nombrado coronel y recibió el mando de un regimiento de 1.120 hombres, con mayores efectivos aumentaron sus acciones bélicas. Pronto aparecerían sus famosos 'Ironsides' ('Costillas de hierro') que harían sentir su peso en la guerra civil.

En mayo de 1643 Cromwell obtuvo una victoria en Grantham, pero en el verano de ese mismo año los realistas se impusieron por todas partes. Fairfax, general parlamentario, fue derrotado en Hull y la importante plaza de Bristol cayó en poder del príncipe Rupert (sobrino del rey).

El historiador Woodward escribe: "[...] hacia finales de 1643 los realistas estaban ganando terreno. El Parlamento entonces llegó a un acuerdo con los escoceses para establecer el presbiterianismo en Inglaterra (e Irlanda), a cambio de la ayuda del Ejército escocés. Tal acuerdo hizo todavía más difícil la reconciliación con el partido del rey, pero el Ejército escocés desequilibró la balanza en el norte, y hacia finales de 1644 parecía probable una victoria del Parlamento".

El pacto entre ingleses y escoceses fue llamado "La Solemne Liga y Convenio" y propició que 21.000 escoceses acudieran en ayuda del Parlamento. En Marston Moor (julio de 1644) se enfrentaron 25.000 puritanos contra 15.000 realistas en la que ha sido considerada por los historiadores como la primera gran batalla de la guerra civil. Sin embargo, aunque importante, la batalla no decidió nada definitivo...

El conde de Manchester y Cromwell tenían conceptos opuestos de como llevar la guerra, el primero quería llegar a la paz para crear un gobierno puritano con el rey. Cromwell, por su parte, apuntaba que hasta que el rey no fuese derrotado completamente, pondría condiciones inaceptables. En un consejo de oficiales, Manchester dijo: "Si derrotamos al rey noventa y nueve veces, aún seguirá siendo rey y será reconocido como tal, pero si él nos derrota solo una vez, seremos todos ahorcados". Cromwell le replicó: "Señor conde, siendo esto así, ¿para qué hemos tomado las armas? Es inútil seguir luchando y en tal caso firmemos la paz por ignominiosa que sea".

Dada la 'organización' del Ejército (que era prácticamente regional y que era prácticamente nula), el Parlamento propuso la creación de un Ejército regular pagado por la Cámara. Cromwell se adhirió a esta propuesta con todas sus fuerzas, viendo una oportunidad para su ambición. En noviembre acusó abiertamente en el Parlamento al general en jefe, Manchester, consiguiendo que la Cámara se dividiera (aunque no consiguió desplazar del mando al general).

El Parlamento dio el mando en jefe a sir Thomas Fairfax (un militar valiente, pero poco más), el que pidió inmediatamente a la Cámara que la figura de Cromwell fuera su segundo ya que era insustituible. El Parlamento accedió a la solicitud y Cromwell acabó por convertirse en el único jefe militar que podía hablar en la Cámara y, de hecho, en el jefe del Ejército, pues su arrolladora personalidad anuló completamente al mediocre Fairfax, que pasó a un oscuro segundo plano.

En la primavera de 1645 Fairfax puso sitio a Oxford mientras los realistas se apoderaron de Leicester, en junio se enfrentaron 14.000 puritanos contra 8.000 realistas en Nabesy. La victoria de las tropas de Cromwell fue determinante en la guerra, fueron cayendo ciudades y fortalezas y estos éxitos culminaron con el sitio y la toma de Bristol.