Decir que la historia de esta iglesia va unida a la existencia de una fuente no es ningún disparate, parece ser que ya los íberos conocían de ella y de la calidad de su agua. Cuando llegaron los romanos aprovecharon el manantial para establecer unas termas y de paso edificaron un pequeño templo dedicado a Esculapio, el dios de la medicina.

Tenemos que esperar a que llegara el rey visigodo Recesvinto, quien mandó edificar la iglesia, para empezar a narrar su historia. El hijo de Recesvinto, Chindasvinto (asociado al trono de su padre en el 642 y finalmente rey en el 652) estuvo por estas tierras combatiendo contra los vascones y los aquitanos. Pues bien, el tal Chindasvinto padecía de frecuentes cólicos nefríticos y llegó hasta sus oidos el poder curativo de estas aguas por lo que se desplazó hasta el lugar y como parece ser que la cosa le fue bien mando construir, a modo de gracias, un templo dedicado a San Juan Bautista.

Con la llegada de los musulmanes tanto la iglesia como la zona quedó prácticamente abandonada. Tenemos que esperar al siglo IX para que los territorios, ya reconquistados a los invasores, comiencen a repoblarse. De hecho sabemos que en el siglo XI estas tierras pertenecían a doña Urraca (1080-1126), que fue reina de Castilla y de León entre 1109 y 1126 al heredar el trono a la muerte de su padre Alfonso VI.

Con el tiempo las tierras pasaron por las manos de muy diferentes señores pero la iglesia (y de paso las aguas) quedaron bajo el usufructo de los monjes de San Isidro. Hasta el siglo XVI el templo hizo funciones de parroquia y en el XVIII pasó a ser ermita.

Muchos han querido ver en esta iglesia el templo más antiguo del Estado Español (al menos eso dice la leyenda). Nosotros ni ponemos ni quitamos, tan solo señalamos lo que se rumorea y algunos mantienen firmemente.

Sea como fuere debemos señalar que en su larga historia sus modificaciones han sido constantes y que probablemente de la antigua iglesia no queda demasiado. Destaca su pórtico de entrada, con un arco de herradura, en la clave puede contemplarse una cruz en relieve (Clave: Piedra con que se cierra el arco o bóveda.) y el friso tiene decoración geométrica (Friso: Parte del cornisamento que media entre el arquitrabe y la cornisa, donde suelen ponerse follajes y otros adornos.)

En el interior la nave es compuesta, con pórtico de entrada rectangular, tres naves y un ábside central. (Ábside: Parte del templo, abovedada y comúnmente semicircular, que sobresale en la fachada posterior, y donde se instalaban el altar y el presbiterio.) Posteriormente se remodeló esta zona y se convirtió en un triple ábside con el exterior recto.

Las naves están separadas por columnas de mármol que realmente no parecen ser originarias del templo y que bien podrían ser romanas. Los capiteles son de diferentes tipos, unos romanos, otros imitación de los romanos y los últimos tipo visigodos (con hojas alargadas y nervadas), los arcos son típicamente visigóticos. Las naves tienen cubiertas de madera.

Un arco toral nos da la entrada a la capilla mayor (Arco Toral: Cada uno de los cuatro en que estriba la media naranja de un edificio.) En ella se encuentra una inscripción que recuerda que fue el rey Recesvinto el que mandó que se construyera el templo.

Antes de concluir señalar que merece la pena ver la pila bautismal, una joya del lejano arte visigótico.