Las represalias ordenadas desde Berlín no tuvieron precedente. Solo en Checoslovaquia, según el sucesor accidental de Heydrich, Kurt Daluege, fueron fusiladas 1.331 personas y 3.000 judíoa checos fueron inmediatamente deportados, de los que no sobrevivió ni uno de ellos.

Por voluntad del Secretario de Estado de Bohemia y Moravia, Karl Hermann Frank, la venganza nazi golpeó al azar y llegó hasta Lídice. Según el anuncio oficial alemán: '[...] durante las investigaciones de los asesinos del general Heydrich se ha comprobado que la población de esta aldea ha apoyado y ayudado a los culpables y ha cometido otros actos de hostilidad como el de tener un depósito clandestino de municiones y de armas y una emisora clandestina, y de haber acaparado una cantidad enorme de productos racionado. [por consiguiente...] los varones adultos han sido fusilados, las mujeres deportadas a campos de concentración y los niños sometidos al cuidado educativo necesario. Los edificios del municipio han sido arrasados completamente y el nombre del municipio cancelado'.

Pero la realidad en Lídice era totalmente diferente, ninguno de los habitantes sabía nada de paracaidistas lanzados por la RAF con el objetivo de matar a Heydrich, no había radios clandestinas y menos grandes cantidades de productos racionados.

La verdadera razón que motivó toda aquella explosión de odio y crueldad por parte del ejército nazi debemos de buscarlas en la imposibilidad de encontrar rápidamente a los responsables del atentado (hasta el 18 de junio no fueron encontrados, en Praga). Hasta ese momento cualquier indicio que pudiera oler a 'colaboracionismo' desencadenó las más tremendas represalias.

La investigación sobre 'Lídice' empezó con una simple carta. Un ciudadano llamado Frantisek Pàla, colaboracionista convencido del ejército alemán, encontró a una de sus empleadas una misiva que podía hacer pensar que la mujer conociera a uno de los paracaidistas.. Nuestro hombre no tardó en poner en conocimiento de las autoridades la carta. La Gestapo llamó inmediatamente a la trabajadora y ésta acabó por confesar que había hablado con un estraño y éste le había pedido llevar a la familia Horak de Lidice los saludos de un tal Pepik. Los alemanes investigaron y descubrieron que, efectivamente, había una familia Horak en Lídice y que ésta tenía un hijo llamado Pepik quién, con toda probabilidad, había marchado clandestinamente al Reino Unido con un amigo llamado Jan Stribrny (del cercano pueblo de Càbarna) para alistarse en el Ejército Libre Checoslovaco.

La maquinaria nazi se puso inmediatamente en funcionamiento y la Gestapo arrestó inmediatamente a las familias Horak y Stribrny, junto con todos los hombres de los dos pueblos, para llevarlos hasta Kladno e interrogarlos.

De los interrogatorios efectuados se comunicó que se había podido averiguar que a la persona que vio la trabajadora de Frantisek Pàla era Vaclav Riha, quien se había encontado en el bosque con Pepik Horak y éste le había pedido que llevara un recado de saludo a su familia. Pero esto no fue más que una justificación para la matanza, ya que sabemos que ningún Horak había sido lanzado en paracaidas en Checoslovaquia con el grupo de asaltantes de Heydrich.