Hacia las 10.30 yacían 171 cadáveres en tierra de Lídice. Pero según el padrón, los varones adultos de la villa eran 192. Por lo que faltaban 21. Ocho de ellos ya habían sido arrestados en Kladno y fusilados en Praga. Otros once estaban fuera del pueblo por razones de trabajo, y también éstos fueron localizados y uno a uno fusilados. De esta manera solamente quedaban dos, el molinero y un operario metalúrgico que hacia turno de noche en Kladno. Ambos pudieron escapar del pelotón de ejecución pero no de la muerte. El primero prefirió ahorcarse en su molino antes de caer en manos alemanas y el segundo se cortó las venas de las muñecas antes de ser encontrado por los soldados nazis.

A las 11.30 todo el pueblo de Lídice estaba envuelto en llamas, lo último que los alemanes hicieron antes de ponerse a comer fue prender fuego a la iglesia.

Por la tarde llegó un 'kommando' de judíos internados en Theresienstadt. Ellos fueron los encargados de preparar las fosas comunes, llevar hasta allí los cadáveres de los hombres fusilados y enterrarlos colocando encima grandes terrones con hierba. Nadie debía saber dónde habían sido sepultados los cuerpos.

Durante todo el día siguiente, jueves 11 de junio las mujeres y los niños permanecieron encerrados esperando noticias de sus maridos y padres. Al caer la noche las mujeres fueron reunidas, contadas y enviadas a la estación de ferrocarril. Desde allí, vía Mecklenburgo, se las llevó al campo de exterminio femenino de Ravensbrück, cerca de Berlín, donde murieron 53 de ellas.

De los niños secuestrados en Lídice y sometidos al 'control de raza' para saber cuales eran 'idoneos para la germanización', los expertos escogieron dos niñas y un niño (enviados a Alemania). Los otros fueron deportados a Lodz, en Polonia, y de éstos algunos fueron selecionados y enviados, con documentos falsos, a familias alemanas. Los restantes fueron internados en el campo de Chelmno y muertos en las cámaras de gas.

La población de Lídice debía de convertirse en una finca para la viuda de Heydrich (a modo de compensación por la muerte de su marido). Por esa razón se arrasó totalmente el pueblo para que, en palabras de Karl Hermann Frank: 'ninguno recuerde nunca que existió una vez un pueblo llamado Lídice'. Sin embargo, Frank se equivocaba, las ciudades de Berlín y de Vila en Brasil, de Esperanza de Valparaiso en Chile, de San Jerónimo en México y de Stern Park Garden en Estados Unidos, cambiaron sus nombres por el de Lídice. Monumentos en recuerdo del pueblo checoslovaco surgieron el La Habana (Cuba), Montevideo (Uruguay), Tabor, South Dakota y Price (Estados Unidos). En Palestina fue fundada una ciudad con el nombre de Kfar-Lídice y numerosas niñas fueron bautizadas con el nombre de Lídice.

Cuando el Ejército Rojo mandado por el coronel Pankov, héroe nacional de la URSS, liberó el distrito de Kladno, los habitantes de los pueblos vecinos a Lídice, que habían descubierto el lugar en donde se encontraban los cuerpos sepultados enterrados por los nazis, plantaron sobre aquel 'camposanto' la bandera de Checoslovaquia. En la postguerra empezó la reconstrucción de Lídice. Llegó ayuda financiera de todas partes del mundo, de modo que en 1967 el pueblo tenía de nuevo 454 habitantes.