Finalmente, se produjeron las primeras muertes de los seguidores de la nueva doctrina predicada por Mahoma (la religión ya contaba con sus primeros mártires). La oposición contra el profeta y sus seguidores en La Meca alcanzó tales proporciones que, tras enviar a sus adeptos a buscar refugio en la cristiana Abisinia (hoy Etiopía) y después de un intento fallido de obtener apoyo en la cercana ciudad de Taif, en el año 622 Mahoma se trasladó con algunos de sus compañeros al asentamiento agrícola de Yatrib, a unos 300 km al norte. Este suceso, conocido como Hijra (o Hégira), fue el punto de inflexión de la suerte de Mahoma. Tras la Hégira se estableció la primera comunidad musulmana (umma) en Yatrib, y más tarde el episodio marcó el inicio del calendario musulmán, conocido como “era de la Hégira”. Poco después, Yatrib cambiaría su nombre por Medina

Poco antes Mahoma ya había recibido el primero de los cinco mandamientos, uno de los cinco pilares en los que se basa el islam: el rito de las cinco plegarias cotidianas con el rostro vuelto hacia la ciudad santa que no era todavía La Meca, sino Jerusalén, "la ciudad del Dios de Abraham". El profeta había recibido este primer mandamiento por el propio Dios, tras una de sus visiones, viose a sí mismo arrebatado a lomos de "Boracq", su mula blanca, a través del desierto hasta Jerusalén y elevándose desde allí hasta el trono de Alá.

Empezaba una nueva época, esta se inició con la "Djihad", o sea la guerra santa. El enemigo con el que terminar era el idólatra, y contra él blandió el profeta, sin ningún tipo de escrúpulo, la espada y alzó el estandarte verde de la guerra santa. Una de las razones que explican la creciente aceptación de la autoridad de Mahoma en Medina fueron sus éxitos militares. Los ataques contra caravanas de La Meca desembocaron en una importante victoria sobre una poderosa fuerza militar de esta ciudad en Badr en el año 624. Consecuencia de esta victoria son algunos párrafos del Corán en donde se hace referencia al yihad o guerra santa: 8, 5-18 y 66/65. Los ataques de La Meca contra Medina fueron rechazados con dificultad en las batallas de Uhud (625) y en la denominada del jandaq, ‘foso’, en el año 627. A medida que crecía el prestigio de Mahoma, las tribus vecinas comenzaron a establecer alianzas con él y a aceptar el islam. En aquel momento Mahoma se mostró implacable. No era él quien golpeaba, era Dios, Su combate era puro, no ambicionaba países ni ciudades, sino almas, y no dudó en denunciar a su camaradas de conquista y saqueo con el pretexto de combatir en su nombre. No quería mercenarios sino mártires y después de cada expedición decía a los syos: "Volvemos de la "Djihad", la pequeña guerra santa contra los incrédulos. Ahora empieza la "Djihad Akbur", la gran guerra santa contra uno mismo".

Los judíos asentados en Arabia también se volvieron contra él, negandole el reconocimiento del Profeta anunciado en las Escrituras, pero Mahoma les plantó cara. A partir de ese momento, los musulmanes no se volvieron ya hacia Jerusalén para efectuar sus cinco plegarias diarias, sino hacia La Meca, y al desembarazarse radicalmente del judaismo la secta se convirtió en una religión aparte: el islam. La fórmula de denominar a los seguidores de la religió es exclusiva. Ya que el propio Corán cita a los seguidores de Mahoma como “musulmanes” ("Él os ha llamado musulmanes", Corán 22,78), estos se sienten ofendidos cuando son denominados “mahometanos”, en tanto que este término implicaría un culto personal que el islam prohíbe.

Este cambio hizo redoblar los esfuerzo de Mahoma para tomar La Meca, no era posible que la ciudad sagrada de los musulmanes estuviera en manos paganas. Con excepción de esa ciudad, Mahoma ya dominaba todo el desierto de Arabia. Finalmente, en el 628 pudo firmar el tratado de al-Hudaibiya con La Meca y en enero del 630 el propio Profeta entró en la ciudad que le vio nacer montado en su camella blanca..

Su primera acción fue dirigirse a la "Kaaba", donde mandó destruir todas las estatuas de los ídolos que la rodeaban, y después de besar la piedra negra, consagró de nuevo el culto a Alá, el "único Dios". Al año siguiente y al frente de noventa mil hombres regresó a La Meca para celebrar en ella la primera peregrinación musulmana, y allí determinó los ritos tal como todavía son practicados por los centenares de miles de musulmanes que cada año, en el mes de "Hadj", efectuan el viaje a La Meca.

Agotado por los combates y viendo llegar próximo su fin, Mahoma dirigió sus últimas observaciones a sus seguidores antes de marchar de La Meca. Sus últimas recomendaciones a los fieles se basaron en que mantuvieran la unidad: "Hoy he rematado mi obra. He cumplido mi Gracia. Sea el islam vuestra religión".

Después de regresar a Medina cayó enfermo y murió en los brazos de la más jóven de sus esposas, Aisha, y junto a Fátima, su hija predilecta. Era el lunes día 13 del mes de Rabi, el primer día del año IX de la Hégira (8 de junio de 632). Mahoma ya había cumplido los sesenta años. Fue sepultado en su casa de Medina, y la segunda mezquita en importancia del islam se construyó en las inmediaciones de su tumba.

Las dos fuentes fundamentales de la doctrina y la práctica islámicas son el Corán y la "Sunna" o tradición, así como la conducta ejemplar del profeta Mahoma.

Los musulmanes consideran el Corán como la palabra eterna e “increada” de Dios revelada a Mahoma por medio de Gabriel, el arcángel de la revelación (y el ángel que anunció en el Cristianismo a María su embarazo de Jesús). Los musulmanes tienen como pilar de su fe que su autor es el mismo Dios, y no el Profeta (que no sabía ni leer ni escribir), por lo que el Corán es inimitable, y por lo tanto, infalible. "Alá se dirige al hombre en el idioma de los árabes". La palabra Corán procede del árabe "al-qur'ān", que viene a significar; "la lectura" o "la recitación".

La lectura del Corán es el único sacramento del islam. Recitar un versículo del Corán es lo mismo que rezar, y es también comulgar en el sentido estricto de unirse a Dios. El libro, dogma de fe para todos los musulmanes, es también el código civil y el penal. Son las normas que rigen los más mínimos detalles en la vida del individuo y de toda la comunidad.

Religión y vida cotidiana, fe y política se hallan totalmente vinculadas en los 114 "suras" (capítulos) y 6.236 "ayas" (versículos) que para el creyente es la verdad absoluta que no puede ser ni quebrantada ni discutida, puesto que cada una de las palabras allí escritas son la palabra directa de Dios.