A parte de pequeñas escaramuzas, el único acto que podemos considerar plenamente independentista en la isla fue el llamado "Grito de Lares" -22/23 de septiembre de 1868-. Se tuvo que adelantar varios días a lo que estaba previsto ya que fue descubierto. Bajo el grito de: "¡Viva Puerto Rico Libre!" tuvo lugar en el ayuntamiento de la localidad de Lares -y en la figura de Eugenio María de Hostos- un movimiento de insurrección que, tras reducir a los españoles, proclamó la independencia y estableció un gobierno republicano encabezado por Francisco Ramírez Medina. Sin embargo, el intento fracasó por precipitación y por falta de apoyo del pueblo, que no entendía lo que estaba pasando -los insurrectos llegaron a ser tan solo 380 hombres-. En pocos días, y sin prácticamente resistencia, fue sofocado por las tropas españolas que encarcelaron a los implicados. Éstos se beneficiaron de la amnistía concedida con motivo de la Revolución de ese mismo año en España y fueron puestos en libertad.

Una gran mayoría de la sociedad portorriqueña quería seguir formando parte de España. A diferencia de Cuba, en Puerto Rico la propiedad de las pequeñas explotaciones agrícolas estaba muy repartida y, en su mayoría, en manos de los propios portorriqueños. Esto explica por qué España nunca fue odiada ni considerada explotadora y la razón por la cual Puerto Rico permanecía leal al gobierno hispano. -incluso en el 20 de octubre de 1870 se aprueba en el Parlamento español la Ley de la Diputación Provincial que otorga a Puerto Rico una cierta autonomía-. Ese mismo año, figuras de gran importancia del panorama político puertorriqueño -pertenecientes al Partido Liberal Reformista- solicitan formalmente la asimilación de Puerto Rico a las demás provincias españolas de la península.

En el año 1871 estalla una revuelta dirigida a protestar contra los abusos de determinados impuestos por parte de la península. No es en ningún caso una rebelión independentista como lo fue el "Grito de Lares", es más un problema social que un problema político y la sublevación es rápidamente sofocada por parte del ejército español.

El 10 de febrero de 1873 Amadeo I de Saboya abdica de la corona española, tras el conflicto surgido en el cuerpo de artillería por el nombramiento del general Hidalgo como capitán general del País Vasco -los oficiales se negaron servir a las órdenes del que consideraban, de forma errónea, culpable del fusilamiento de los sublevados en el cuartel de San Gil.

En realidad tenemos que señalar que era la crónica de una muerte anunciada, este último incidente no es más que la última gota que colma el vaso y una excusa del soberano -que llevaba meditando esta decisión desde hacia ya un tiempo- para abdicar y retornar a su Italia natal ya que el ambiente de inestabilidad y de hostilidad contra el monarca es demasiado evidente para que Amadeo pueda soportarlo más.

El 11 de febrero de 1873, el congreso y senado españoles reunidos en sesión conjunta -Asamblea Nacional- proclaman la República, aprobando por 256 votos contra 32, las siguientes proposiciones: "La Asamblea Nacional resume todos los poderes y declara como forma de gobierno de la Nación la República, dejando a las Cortes Constituyentes la organización de esta forma de gobierno."

Con esta resolución se viene a llenar el vacío de poder que provocó la abdicación de Amadeo I de Saboya, pero la República hereda graves problemas, la hacienda pública está agotada, la guerra carlista se reaviva, no existe ningún apoyo internacional, el ejército no ve con buenos ojos ese nuevo orden y al movimiento obrero le parece insuficiente -aparición de brotes revolucionarios-.

El 17 de julio de 1873 se presenta a las cortes constituyentes un proyecto de constitución federal, que no llegaría a promulgarse. En su artículo primero, España queda configurada en una serie de Estados: Andalucía alta, Andalucía baja, Aragón, Asturias, Baleares, Canarias, Castilla la Nueva, Castilla la Vieja, Cataluña, Cuba, Extremadura, Galicia, Murcia, Navarra, Puerto Rico, Valencia y Regiones Vascongadas, a los que se otorga facultad para conservar o modificar sus respectivas provincias, según sus necesidades territoriales. De momento, tanto las islas Filipinas, como Fernando Poo, Annobón, Corisco y los establecimientos de África formarían territorios, a los que los poderes públicos podrían elevar a la condición de Estados cuando sus progresos de todo orden así lo aconsejen.

Pi y Margall había declarado: " Nosotros somos republicanos federales, creemos que la federación es la solución del problema de la autonomía humana, que la federación es la paz por hoy de la Península, y más tarde lo será de Europa entera..."

Un problema de menos calado en los territorios antillanos, visto desde la perspectiva de su época, merodeaba la mente de los políticos españoles; la esclavitud. Una vez caída Isabel II ya se había decretado, con fecha 17 de septiembre de 1868, la llamada "libertad de vientres", que en su primer artículo señalaba que: "Todos los hijos de madres esclavas que nazcan después de la publicación de esta Ley son declarados libres."

España no veía con buenos ojos que mientras en la península la esclavitud solamente fuera un triste recuerdo, en sus posesiones de ultramar fuera una práctica muy común. El problema era que la esclavitud, y particularmente en Cuba, era necesaria para mantener el sistema económico y evitar una crisis.

En 1870 se ampliará la norma establecida en 1868, en la nueva se extenderá la abolición a los esclavos que habían cumplido sesenta años y a los que habían servido bajo bandera española en la lucha contra los insurrectos cubanos.

En septiembre de 1872 la Sociedad abolicionista presenta en el Senado una propuesta para abolir definitivamente la esclavitud, basándose en una promesa realizada por Amadeo I.

Este proyecto, apoyado por los sectores más progresistas de la nación, encuentra una firme oposición en los círculos antillanos, especialmente en la isla de Cuba, para contentar a unos y a otros el Estado tomó una "decisión salomónica", abolió como "proyecto piloto" la esclavitud en Puerto Rico, donde no existía un número importante de esclavos y permitió que en Cuba los esclavistas continuaran con sus actividades con el fin de no dañar su economía.

En el año 1874 se produce en España el golpe del General Pavía que disuelve las Cortes Generales y establece una Dictadura militar bajo la Presidencia del General Serrano, la Primera República es finiquitada por la Guardia Civil, que obliga a los parlamentarios a abandonar el hemiciclo. El Gobernador Militar de Puerto Rico, General Sanz, disuelve la Diputación Provincial de Puerto Rico y ordena la detención de muchos dirigentes autonomistas.

En 1875 se restaura la monarquía en España en la figura de Alfonso XII -de la casa de Borbón, hijo de Isabel II-, el nuevo reinado significó un pequeño cambio en la situación de Puerto Rico en sus relaciones con la península, para empezar son puestos en libertad los dirigentes autonomistas y se continua con una bajada de impuestos en la isla sobre el azúcar puertorriqueño... Estas decisiones, junto a la posibilidad de exportar sus mercancías a Estados Unidos, provocan una situación de bonanza económica en la isla.

Mientras que en Cuba la situación no acababa de pacificarse, en Puerto Rico la isla vive en paz y los autonomistas van, poco a poco, ganando terreno. En 1887 se funda el Partido Autonomista que, manteniendo su lealtad a España, pide más autonomía para la isla -un ejemplo de lealtad es que desde Puerto Rico se apoyó a España para luchar contra los independentistas cubanos-. Posteriormente un ala del partido se fusiona con el Partido Liberal que gobernaba en la península y otra creó el Partido Autonomista Puro.

Finalmente, se declara la autonomía de Puerto Rico el día 9 de noviembre de 1897, que le da una serie de derechos: el de sufragio universal, representación en las Cortes de España, autoridad para concretar tratados comerciales y fijar aranceles, derecho a elegir un Parlamento autonómico con poderes limitados. En las elecciones para el Parlamento autónomo de marzo de 1898, vencen los autonomistas del Partido Liberal.

Cuando comienza la Guerra entre España y Estados Unidos, la mayoría de la población permanece leal a España y los políticos locales rivalizan en manifestar su apoyo a el gobierno de la península -manifestaciones contra los Estados Unidos se repiten constantemente por las calles de las más importantes ciudades-. La Guerra permaneció alejada de la Isla, desarrollándose únicamente una acción bélica importante.

El día 9 de mayo de 1898, la flota norteamericana del Almirante Sampson pone rumbo a la ciudad de San Juan de Puerto Rico. La defensa de la ciudad está encomendada a los fuertes construidos y reformados entre los siglos XVI, XVII y XVIII (el de San Jerónimo fue construido en 1599), y que han sido medianamente modernizados en la década de 1880 y reartillados en 1896 con unos cuantos cañones modernos, pero a los que no se puede prestar gran confianza delante de las piezas artilleras de los barcos americanos.. El día 11 de mayo los buques estadounidenses "Iowa ", "Indiana ", "New York" y "Amphitrite " se presentan de noche ante el puerto. Durante unas horas la ciudad y, especialmente su puerto, es sometida a un intenso bombardeo respondido con energía por la artillería de los fuertes, sorprendentemente los americanos se retiran. Durante el conflicto ya no hubo más acciones bélicas salvo pequeñas escaramuzas navales en la que actuó el destructor llamado "Terror", que por circunstancias había tenido que separarse de la flota de Cervera cuando ésta carboneó en Curaçao y que llegó a Puerto Rico por sus propios medios.

La llegada de la infantería americana a la isla, al mando del General Miles, el día el 25 de julio de 1898 en Guánica, es simplemente anecdótica porque la guerra está a punto de concluir. Dos días más tarde España ha reconocido la derrota y pide iniciar las conversaciones de Paz, conversaciones que se celebrarán en París. El día 16 de octubre de 1898, se iza la bandera estadounidense en San Juan de Puerto Rico para no arriarse desde entonces.

Parafraseando un dicho mexicano y transformándolo a las características propias de la isla solamente se nos ocurre decir aquello de "[Pobre Puerto Rico] tan lejos de Dios y tan cerca de los Estados Unidos..."